这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
季节的更迭改由人类来担任，执行这项任务的人被称为「四季代行者」－－ 司掌春天的代行者‧花叶雏菊和护卫‧姬鹰樱，为了让睽违十年的春天显现于世，两人开始一同巡行「大和」之地…？ 担任让季节显现于世这项任务...
自从美少女付丧神桐叶出现在平凡的少年加贺见一也面前后，生活就完全变调了，有着吸引怪异体质的「忌讳之子」一也，在受到土地神菊理任命为「降灵大将」后，和桐叶一同奋斗着，一也等人在学校活动，成立了收集怪异情报的「烦恼咨询室」，但在不断有人来咨询平稳烦恼的背后，菊理所盘算的某个计划开始蠢蠢欲动…除了超S美少女付丧神桐叶，对一也抱持好感的少女们，也在被卷入各种意想不到骚动的同时参战了，满是美少女的传奇学园喜剧，现正揭开第二幕！
