神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
当潘百达的黑猫士兵从白猫女王处将其解救之后，潘百达重获暗原能。一心想要报复宝狄并征服光环系的他，为以防万一，将白猫女王软禁起来，将其视为自己最后的底牌。为了能彻底摆脱宝狄及其好友，潘百达设局使宝狄他们来到自己全新建造的黑猫海盗飞船上并用噬梦枪吸光了他们所有的原能。同时潘百达的邪恶计划依旧不停止，但宝狄与好友为保卫星球的和平与安全，重新学习功夫并发挥智慧、团结、协作精神，最终解开梦想实验室的神秘力量，获得与梦想大盗们抗战武器并进而战胜梦想大盗，守护了星球的和平与安全。然而，宝狄与好友仍旧需要找到白猫女王，但只有潘百达一个人知道白猫女王的真正下落。
森波啰星球经过千百年的努力，如今已经成为一个科技发达，美丽且环保的星球了。故事的主人公名叫宝狄，它是安弥塔神族的后裔，宝狄和他的妈妈无忧无虑地生活在这个星球上。可是，突然有一天，潘百达的入侵改变了一切，宝狄被迫与妈妈分离，独自一人踏上了惊险刺激的奇妙之旅。
